En la querella se li imputen quatre presumptes delictes: apropiació indeguda, estafa, malversació i falsificació de document mercantil.
Segons l’acusació, Delgado hauria defraudat més de mig milió d’euros durant els quatre anys que va gestionar els comptes de la mancomunitat creant factures falses, duplicant-les o bé inflant-les i desviant els fons a societats de les quals ell era l’administrador únic. En alguns casos el diner es va carregar de manera correcta a empreses de Delgado i en altres es va pagar per treballs que s’havien assignat, però no s’havien fet. Aquest mètode coincideix amb el que presumptament va utilitzar Iñaki Urdangarin, juntament amb Diego Torres i el seu cunyat, Miguel Tejeiro, per malversar fons i desviar-los a través de l’Institut Nóos. Delgado va ser soci d’Urdangarin en diverses societats.
Els documents que la mancomunitat ha portat al jutjat indiquen que Delgado ja va fer dues transferències als seus comptes l’any 2007, el primer en què es va fer càrrec de la gerència. Van ser dos pagaments de 10.500 i 900 euros, quantitats petites si es compara amb el total del frau del qual se l’acusa.
Les dades recollides per la mancomunitat revelen també que Delgado va obtenir préstecs de la Caixa per valor d’1,6 milions d’euros en els darrers anys, alguns abans de ser gerent de la Vall del Tenes, cosa que sorprèn, perquè rebia una nòmina de 2.330 euros nets mensuals. En els primers mesos de treballar com a gerent, Delgado tenia contracte de mitja jornada, però de seguida va demanar poder dedicar-se a jornada complerta argumentant que amb mitja jornada no tenia prou temps.
Delgado té cinc propietats, quatre cases i una nau, repartides entre Lliçà d’Amunt, Calonge (el Baix Empordà) i la localitat malaguenya de Mijas, on té un xalet en una urbanització de luxe amb camp de golf. Una part dels diners desviats de la mancomunitat haurien servit per pagar despeses d’alguna d’aquestes propietats.
El Jutjat d’Instrucció número 1 de Granollers tramita paral·lelament una altra denúncia contra Francesc Delgado presentada per la Fiscalia Anticorrupció.